1999해, 나가노현 마츠시로에게 있는 일본의 피라밋드“미나카미야마”에 우뚝 서는 사립 바르트슈타인 학원.

여기에서는 무언가에 끌어당길 수 있었는지와 같이 차례차례로 오칼트 현상이 일어난다.
고로 「오칼트 학원」이라고 불리고 있다.
학장은 오칼트의 연구에 인생을 걸어 학생들도 날마다 학업과 연구에 힘쓰고 있다.

어느날 아버지인 학장이 죽어, 오칼트가 정말 싫은 외동딸의 일본의 신화 시대 마야가 학원을 방문한다.
거기서2012해부터 왔다고 하는 자칭“타임 에이전트”그리고 원·스푼 휨소년으로서 이름을 달린 우치다 붐메이와 만난다.
학원 중(안)에서 일어나는 여러가지 괴기 현상에 조우하면서, 문명이1999해에 타임 슬립 해 온 진상이 서서히 밝혀진다.