제목인 섬광의 나이트레이드(閃光のナイトレイド)에서 섬광은 초능력, 나이트레이드(night raid)는 스파이를 뜻한다.
세계 1차대전 이후 중국 대륙을 침략한 일본.
일본은 자국의 이익을 위해 특수한 능력자들이 있는 사쿠라이 기관을 이용해 첩보활동을 벌인다.
그러던 중 관동군 중 어느 한 부대가 통째로 사라지는 일이 발생한다.
그리고 그것은 곧 세계를 뒤흔들 거대한 사건의 서막이였다.