여름 바캉스를 위해 코우미섬(신해도)에 방문한 코난 일행은 보물을 찾기 위해 모인 트레져 헌터를 만난다. 코우미섬(신해도)은 해저에 위치한 고대 유적이 있는 해저 궁전이 발견되면서 유명하게 된 섬. 300년 전에 전설적인 두 명의 여해적 앤 보니와 메리 리드가 남겼다고 알려진 보물을 찾기 위해 바다에 있는 해저 궁전에 가려다가 상어 무리의 습격으로 사망했다. 그러나 본 사건이 우연적인 사고가 아니라, 살인 사건임을 느낀 코난과 하이바라 (홍장미)는 최대의 수수께끼인 졸리 로저‥ 그리고 코난이 본 사건의 진상을 밝혀낸다!