주인공 키노모토 사쿠라는 토모에다 초등학교에 다니고있는 초등학교 4학년이다.
어느 날, 지하 서재에서 우연히 마법사 크로우 리드가 만든 크로우 카드가 봉인되어
있던 마법책을 펼치게 되버려 봉인되어 있던 카드들이 전부 전국 어딘가로 흩어지게 된다.
크로우 카드 책 속에 잠들어있던 케르베로스까지 깨우게 되고,
그와 함께 카드캡터로 활약하여 재앙을 막기 위해 크로우 카드를 모으게 된다