에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식.
미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거,
이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다.
그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이
목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다.
인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스.
미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로.
용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야.
'도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!'
소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서.
마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다……!