현실과 이웃하고 있지만 전혀 다른 또 하나의 세계 '니노쿠니'

고등학생인 유우와 친구 하루는 소꿉친구인 코토나를 둘러싼 사건을 계기로 두 세계를 넘나들게 되는데..

현실과 니노쿠니의 2명의 코토나의 생명에 위험이 동시에 다가오는 중,

3명과 '니노쿠니'를 둘러싼 "궁극의 선택"이란